市立见泷原中学又迎来平静祥和的一天就读于二年级的女孩鹿目圆（悠木碧 配音）和朋友美树沙耶加（喜多村英梨 配音）、志筑仁美（新谷良子 配音）尽情讨论恋爱的话题享受少女的快乐青春这时班上转来了名叫晓美焰（斋藤千和 配音）的新生这个带着些许神秘气质的女孩让小圆颇感疑惑与沙耶加下学回家路上小圆听到呼救声声音来自一只浑身伤痕累累的未知生物而追杀它的正是晓美焰危急时刻她们得到同为见泷原中学学生的魔法少女巴麻美（水桥香织 配音）的帮助进而得知那只名叫丘比的生物有能够帮助人变成魔法少女的能力少女们无意间开启了通往另一个世界的大门……　　本片为魔法少女的剧场版分三部上映由TV版12话重新编集而成