故事发生在虚构的未来世界彼时人类因为疏忽和大意而失去了制海权海洋成为了人们可望而不可即的所在盘踞在那里的是一股名为“深海栖舰”的强大势力为了同这股势力抗争一群名为“舰娘”的女孩子们出现了在她们的体内栖息着舰艇之魂亦是明日呢化身成为各式各样的战舰为了人类的和平做着不懈的努力　　平日里舰娘们在名为“镇守府”的大本营里进行日常生活和训练某日一位名叫吹雪（上坂堇 配音）的活泼女孩出现在了大家的面前初来乍到的她踌躇满志热情满满地加入了舰队的新生活中去在这里充满了精彩和刺激的日常就此展开